Si tratta di un’anomalia di funzionamento del sistema immunitario che determina una reazione contro alcuni dei propri componenti. Nel proprio sviluppo, il sistema immunitario riesce a distinguere ciò che gli appartiene (gli antigeni self) da ciò che è estraneo (ovvero non self). Nel caso dell’autoimmunità, alcuni propri elementi costituenti non vengono riconosciuti dal sistema immunitario come self e dunque come innocui, per cui il sistema immunitario reagisce contro l’organismo stesso.
Il fenomeno rappresenta la base delle cosiddette malattie autoimmuni, come artrite reumatoide, lupus eritematoso sistemico, sclerosi multipla.